為貫徹十八屆五中全會提出有關深化新三板改革的精神，進一步落實《國務院關于全國中小企業股份轉讓系統有關問題的決定》（國發〔2013〕49號），中國證監會制定并發布《關于進一步推進全國中小企業股份轉讓系統發展的若干意見》（以下簡稱《意見》），加快推進全國股轉系統發展。
《意見》提出加快發展全國股轉系統具有重要的戰略意義，從七個方面對推進全國股轉系統制度完善作出部署，提出了當前發展全國股轉系統的總體要求。對于市場性質和在多層次資本市場體系中的定位，《意見》指出，要堅持全國股轉系統獨立市場地位，公司掛牌不是轉板上市的過渡安排。但全國股轉系統并非孤立市場，應著眼于建立多層次資本市場的有機聯系，研究推出全國股轉系統掛牌公司向創業板轉板試點，允許符合條件的區域性股權市場運營管理機構開展推薦業務試點，探索建立與區域性股權市場的合作對接機制。
在健全和創新市場制度體系方面，《意見》涵蓋了融資、交易、市場分層、主辦券商管理等多個領域。為增強市場融資功能，《意見》提出探索放開掛牌同時向合格投資者發行股票新增股東人數35人的限制，加快推出儲架發行制度和授權發行機制。為提高市場流動性水平和價格發現效率，《意見》要求大力發展多元化的機構投資者隊伍，引入公募證券投資基金投資掛牌證券；優化完善現有交易制度安排，大力發展做市轉讓方式；強化主辦券商交易組織者和流動性提供者的功能。為適應掛牌公司差異化特征和多元化需求，降低投資人信息收集成本，《意見》提出實施全國股轉系統內部分層，現階段先分為基礎層和創新層，逐步完善市場層次結構。為引導證券公司轉換理念，提升執業能力，《意見》鼓勵證券公司建立適應全國股轉系統特點的證券業務體系，培育全鏈條服務模式，支持證券公司設立專業子公司統籌開展全國股轉系統相關業務，不受同業競爭限制。
市場持續、快速、健康發展需要有效的監管和風險管控。《意見》要求全國股轉系統建設堅持創新發展與風險控制能力相匹配，既要堅定不移地推進改革創新，又要牢牢守住不發生系統性、區域性風險的底線。要進一步完善自律監管體系，提高自律監管的能力和效率，建立常態化、市場化退出機制；同時，證監會及其派出機構要加強以問題和風險為導向的事中事后監管，強化行政執法，堅決查處欺詐、虛假披露、內幕交易、操縱市場等違法違規行為。鑒于條件尚不成熟，現階段暫不降低投資者準入條件，暫不實行連續競價交易。
《意見》是促進今后一個時期全國股轉系統健康發展的指導性文件，既著力解決當前發展中面臨的問題，提出完善措施，又放眼未來，為市場的后續創新和長期發展預留了政策空間。目前，中國證監會已啟動《意見》實施所涉及的相關制度規則的修訂和制訂工作，全國股轉公司也要相應完善規則，配套制訂市場分層方案并擇機向市場公開征求意見。